Dinamica Molecolare di Biomolecole: validazione di dati sperimentali ed analisi delle componenti entropiche ed entalpiche del folding

Abstract

Le simulazioni molecolari sono uno strumento molto importante per lo studio delle proteine, in quanto le loro funzioni biologiche sono accompagnate da una serie di movimenti. Diventi quindi cruciale avere delle simulazioni che siano comparabili con la realtà fisica degli eventi. Si è quindi deciso di usare dei dati sperimentali NMR per la proteina ubiquitina (1UBQ) per confrontare diversi force field disponibili nel software di simulazione molecolare GROMACS, ottenendo un grado di accordo fra i risultati e la letteratura in diverse condizioni sperimentali. Si è poi deciso di proseguire lo studio analizzando le diverse componenti del processo di ripiegamento di una proteina, utilizzando l'integrazione termodinamica e confrontando i risultati ottenuti con dati sperimentali.