CoMeta: studio delle distanze tra pathway metabolici di organismi in KEGG.

Abstract

L'insieme di tutti i processi biochimici che avvengono in un organismo viene chiamato metabolismo. Il metabolismo è rappresentato da una rete metabolica suddivisa in vie metaboliche. Le vie metaboliche sono insiemi di reazioni che realizzano particolari funzioni biologiche. Esse trovano una naturale rappresentazione nelle reti di Petri. Entrambe infatti sono costituite da insiemi di reazioni che consumano e producono risorse. In questo lavoro, viene utilizzato il framework CoMeta che permette di confrontare vie metaboliche di organismi diversi rappresentate da reti di Petri. CoMeta utilizza distanze basate sulle reazioni o sugli invarianti delle reti o su una combinazione di entrambi. I dati sono estratti dal database biologico KEGG. Lo scopo principale della tesi è quello di elaborare i risultati forniti da CoMeta tramite il tool statistico 'R' studiando le distanze utilizzate da CoMeta al fine di valutare il loro grado si significatività.