Studio dell'inibizione dell'azione citolitica delle proteine NLP tramite simulazioni di screening virtuale e dinamica molecolare

Abstract

L’obbiettivo di questo lavoro di tesi è l’individuazione di inibitori delle proteine NLP attraverso l’uso di simulazioni di screening virtuale (VS) e dinamica molecolare (DM) basata su campi di forza classici. Le NLP (Necrosis and ethylene-inducing peptide 1–like) sono proteine secrete da batteri, funghi e oomiceti, responsabili delle infezioni causate alle piante solanacee. Sfruttando le conoscenze strutturali di queste proteine e la recente individuazione del sito di legame del loro substrato, sono state effettuate delle simulazioni di VS su grandi database di molecole commercialmente disponibili per individuare un set di molecole capaci di legarsi alle NLP e di inibirne quindi l’azione citolitica. Un sottoinsieme di molecole è stato selezionato per raffinarne le pose tramite simulazioni di DM in presenza del solvente e a temperatura e pressione ambiente. Da queste simulazioni sono state selezionate alcune molecole la cui capacità di inibire le proteine NLP sarà testata in vitro in lavori successivi.