Analisi computazionale del rate d’accoppiamento di hairpin di DNA con filamenti singoli complementari

Abstract

Si è progettato un hairpin di DNA avente il corpo a doppio filamento lungo 10 paia di basi, un’ansa di 6 basi azotate e una coda di 4; con esso sono stati progettati anche 2 filamenti complementari che potessero attaccare l’hairpin, uno dalla coda e l’altro dall’interno dell’ansa. Lo scopo del lavoro è di valutare i rate d’accoppiamento dell’hairpin con i due diversi filamenti complementari. Per mezzo di un modello coarse-grained per il DNA chiamato oxDNA si è provveduto ad eseguire una serie di simulazioni al computer, in più si è fatto uso anche del metodo del forward flux sampling(FFS), che permette di suddividere le transizioni di reazione in una serie di interfacce intermedie, facilitando il campionamento di un evento raro. Si è provveduto a ottenere dati a partire da attacchi di 4 basi azotate e poi riducendo questo numero fino a 2. I risultati sono stati valutati confrontando gli errori ottenuti tramite propagazione dell’errore standard e ricampionamento jackknife. Nei risultati si è evidenziato come in tutti i casi i rate di accoppiamento con attacco sulla coda siano più elevati. La tesi è in lingua italiana, ma le immagini presentano didascalie anche in lingua inglese.